כאשר יוצרים מסמך חשבונאי (מסמך הכנסה או מסמך הוצאה) ניתן לקבוע סכום מע"מ שונה לכל שורת מוצר/שירות במסמך. בדרך זו ניתן להפיק מסמך הכולל מוצרים/שירותים החייבים במע"מ לצד מוצרים/שירותים הפטורים מחיוב מע"מ. לדוגמא – הפקת חשבונית הכוללת חיוב על שכר טרחה החייב במע"מ לצד חיוב על תשלום הוצאות (אגרות, פיקדונות או תשלומים) הפטורות ממע"מ.
הפקת מסמך מסוג זה מתאימה לרוב עבור נותני שירותים (עורכי דין, רואי חשבון וכו'), עבור עוסקים המוכרים מוצרים החייבים במע"מ לצד מוצרים הפטורים ממע"מ (ירקות ופירות לדוגמא) ועוסקים המספקים שירותים או מוצרים שאינם מחויבים במע"מ לתושבי חוץ.כדי לקבוע סכום מע"מ נפרד לכל שורת מוצר/שירות במסמך יש לבצע את הפעולות הבאות:
בעת יצירת מסמך או עריכת מסמך טיוטה יש לבחור תחת אחוז מע"מ בהגדרות המסמך באפשרות "הזנה בשורה".
פעולה זו תיצור שדה נוסף בטבלת פירוט מוצרים/שירותים בו יש להזין את סכום המע"מ בשורת המוצר/השירות או להותירו ריק עבור מוצר/שירות הפטור מחיוב מע"מ.
הזנת סכום המע"מ לכל שורת מוצר/שירות נעשית באופן ידני. חשוב לשים לב כי יש להזין את סכום המע"מ עבור המוצר/השירות ולא את אחוז המע"מ.
לצורך חישוב המע"מ עבור שורת מוצר/שירות ספציפית יש לחשב את הסכום שנמצא תחת השדה סה"כ בהתאם לאחוז המע"מ הרלוונטי.
ניתן להיעזר במחשבון מע"מ לצורך חישוב סכום המע"מ להזנה בשורת המוצר/השירות.
כאשר מפיקים דו"ח מע"מ תקופתי לצורך הגשתו אל רשויות המס המערכת תציג כל שורה המופיעה במסמך באופן נפרד. חישוב המע"מ נעשה רק עבור שורות מוצרים/שירותים אשר בגינם נגבה מע"מ. בשורות מוצרים/שירותים שאינם חייבים במע"מ יופיע בשדה סכום מע"מ המספר אפס.