בהתאם להנחיות רשות המסים, כאשר דוח מע"מ כולל עסקאות עם שיעורי מע"מ שונים, יש להפריד את הדיווח בין עסקאות החייבות במע"מ בשיעור 17% לבין עסקאות החייבות במע"מ בשיעור 18%. הפרדה זו מתבצעת באופן אוטומטי בעת שמירת דוח מע"מ במערכת.

עם זאת, אין צורך לבצע הפרדה דומה עבור תשומות, שכן על פי רשות המסים, אין דרישה לפצל תשומות לפי שיעורי מס שונים. לכן, בדיווח תשומות ניתן להעביר את הסכומים הכוללים ללא הבחנה בין השיעורים.

בעת הפקת דוח מע"מ, המערכת מבצעת חישוב מחדש של שיעור המע"מ על בסיס כלל שורות ההכנסות והמע"מ בדוח. אם שיעור המע"מ המחושב אינו 17% או 18%, הוא ייקבע לפי תאריך האסמכתא של התנועה.

שימו לב כי בתצוגת הדוח יופיעו שורות נפרדות לכל שיעור מע"מ, רק אם קיים בדוח יותר משיעור אחד.